財團法人群策會於2002年5月完成內政部財團法人基金會之登記。
李登輝基金會下設研發處、秘書處、校友服務中心
研發處 負責研發與執行基金會各項計畫,如研討會、論壇、藝文活動等。
秘書處 負責一般行政、總務作業事務。
校友服務中心 負責李登輝學校校友之組織、聯絡及相關活動之辦理。