FTA是主權國家之間經貿互惠的自由貿易協定（Free Trade Agreement）；ECFA則是中國否定台灣主權的特殊經濟合作架構協議或「安排」，是在「一個中國」原則與閹割台灣主權的前提下，促進台灣與中國經貿正常化、制度化與自由化的架構「安排」。

FTA是指主權國家之間，依發展需要，不需經過他國同意，依照世界貿易組織（WTO）的精神與規範，在全球多邊貿易回合談判尚未完成前，透過談判，承諾更大的相對開放，達成雙方或各方在商品與服務貿易更大的交流與整合。「東協加一」即是中國與東協國家之間的FTA。這與美韓或其他國家間所簽訂的 FTA，並無不同。在國際上從事FTA談判的國家，是在WTO會員的正常義務之下，彼此承諾，承擔一個更高的相互開放義務。

台灣與中國幾乎同一時間加入WTO，但由於中國不承認我方主權，整軍擴武威脅台灣，雙方至今並未維持WTO的正常會員關係，彼此也都有歧視性作法。目前台灣對中國尚未履行加入WTO的承諾，仍禁止中國共2,194種商品輸入，占台灣全部進口商品總數的20.3%，其中包括農產品834種，工業品1,360種。八年多來中國一直隱忍，未向WTO提出控訴，就是因為不承認台灣主權地位，不願將與台灣的經貿爭端問題國際化。ECFA正可為中國此項隱忍八年多的頭痛問題解套。

在中國尚未改變「否定台灣主權」立場之前，急著跳躍建立一個超越WTO會員國的關係，與中國經貿自由化，明顯隱含著政治上不可告人的目的。何況，從WTO及其前身的關稅暨貿易總協定（GATT）的運作歷史來看，簽訂FTA的成員國之間，從來沒有否定對方是平等存在的主權國家，而能產生超越WTO會員關係的前例。

簡單的說，FTA就是主權國家之間經貿互惠的自由貿易協定；ECFA則是中國否定台灣主權的特殊經濟合作架構協議或「安排」，是在「一個中國」原則與閹割台灣主權的前提下，促進台灣與中國經貿正常化、制度化與自由化的架構「安排」。