即使簽訂ECFA後暫不開放中國農產品進口,但依目前台灣農業品種、人才、技術與資金皆已快速流向中國,並反過來打擊我國農產品的國內與國際市場的情況來看,台灣農業其實早已面臨岌岌可危的處境;更何況,若十年內或十年後依WTO之要求開放中國農產品進口,並免除關稅,則十年內或十年後將對台灣農業造成更致命的打擊。

雖然台灣自2002年才加入WTO,但為降低中國農產品的威脅,台灣一直單方面背離GATT最惠國待遇原則,禁止進口中國830項農產品。因此,過去八年來,台灣農業所受到的衝擊相對較小。

中國擁有與台灣地理及氣候相似的區域,台灣能生產的農產品,中國都能夠生產,因此兩國的農產品存在相當大的替代性。尤其是近年來,中國有計畫的引進台灣優良品種、生產技術與管理人才,使得台灣農產品出口至美、日等市場減少的數量,百分之百都是被中國所取代,例如出口至日本的鰻魚、毛豆以及出口至美國的吳郭魚等。近幾年來,中國更在16個省份設立「海峽兩岸農業合作試驗區」和「台灣農民創業園」,積極吸引台灣的優良農產品品種、生產技術、管理人才與資金。根據中國的統計,目前在中國投資的台資農業企業已達6,100多家,資金達2,300億元台幣,進入園區發展的台資農業企業達5,000多家。簽訂ECFA後,赴中國投資農業將更加自由化,必使台灣農產品的國外市場進一步萎縮,國內市場供過於求的情況亦必更為嚴重。

目前台灣禁止由中國進口的830項農產品,中國的出口價格皆較台灣的產地價格低廉(如:蘆筍、花椰菜、大白菜、黃瓜、豌豆、葡萄、桃子、荔枝、棗子、梨子等);尤其是雙方在地理位置上非常接近,又已進行直航,農產品由中國運送到台灣並不比南部運送到北部耗時,使得易腐性農產品亦能貿易;加上在江陳會中,簽訂的「食品安全協議」以及「農產品檢疫檢驗合作協議」,雙方同意建立農產品安全管理追溯體系,並實施便捷的進口檢疫檢驗措施,使得農產品更容易進入台灣,加上中國農產品屢屢發生安全問題,如毒菠菜、含抗生素大閘蟹、九孔等,相同的檢疫檢驗標準,更是嚴重危害台灣消費者的健康。因此簽訂ECFA,對於台灣農業的衝擊、消費者的影響,絕非加入WTO所帶來的影響所可比擬。

稻米是台灣農業最重要的農產品之一,不僅種植面積占總作物面積三分之一以上,稻作農戶也占總農戶數的40%以上,因此台灣在加入WTO時,不僅對稻米進口採取配額制度,更對配額外的進口,訂定高進口關稅,以降低衝擊。未來若稻米亦列為免除關稅的產品,因中國稻米產地價格僅及台灣的三分之一,將造成稻農、代耕、育苗及農用品業者的大量失業,並摧毀台灣的農業及農村風貌。

雖然有人認為在簽訂ECFA後,可增加台灣農產品出口到中國的機會,但台商至中國投資農業,帶動中國當地(包含台商與當地農企業)生產與台灣相同品種與品質的農產品,同時價格又較台灣低廉許多,因此台灣農產品要出口到中國,可能性微乎其微。例如中國雖然自2005年起,對台灣15種新鮮水果以及19種水產品與蔬菜實施零關稅,但台灣外銷這些農產品至中國的數量仍非常的少。另外以2005年到2009年間,雙方的農產品貿易來看,台灣進口金額成長高於出口,同時台灣的貿易逆差有逐漸擴大的趨勢;依據學者的研究顯示,自兩岸大三通以來,國內主要蔬菜與水果的產地價格皆呈下跌,顯見在目前仍限制830項中國農產品進口的情況下,中國農產品已經對本土農業產生不小的衝擊。