即使簽訂ECFA後暫不開放中國農產品進口，但依目前台灣農業品種、人才、技術與資金皆已快速流向中國，並反過來打擊我國農產品的國內與國際市場的情況來看，台灣農業其實早已面臨岌岌可危的處境；更何況，若十年內或十年後依WTO之要求開放中國農產品進口，並免除關稅，則十年內或十年後將對台灣農業造成更致命的打擊。

雖然台灣自2002年才加入WTO，但為降低中國農產品的威脅，台灣一直單方面背離GATT最惠國待遇原則，禁止進口中國830項農產品。因此，過去八年來，台灣農業所受到的衝擊相對較小。

中國擁有與台灣地理及氣候相似的區域，台灣能生產的農產品，中國都能夠生產，因此兩國的農產品存在相當大的替代性。尤其是近年來，中國有計畫的引進台灣優良品種、生產技術與管理人才，使得台灣農產品出口至美、日等市場減少的數量，百分之百都是被中國所取代，例如出口至日本的鰻魚、毛豆以及出口至美國的吳郭魚等。近幾年來，中國更在16個省份設立「海峽兩岸農業合作試驗區」和「台灣農民創業園」，積極吸引台灣的優良農產品品種、生產技術、管理人才與資金。根據中國的統計，目前在中國投資的台資農業企業已達6,100多家，資金達2,300億元台幣，進入園區發展的台資農業企業達5,000多家。簽訂ECFA後，赴中國投資農業將更加自由化，必使台灣農產品的國外市場進一步萎縮，國內市場供過於求的情況亦必更為嚴重。

目前台灣禁止由中國進口的830項農產品，中國的出口價格皆較台灣的產地價格低廉（如：蘆筍、花椰菜、大白菜、黃瓜、豌豆、葡萄、桃子、荔枝、棗子、梨子等）；尤其是雙方在地理位置上非常接近，又已進行直航，農產品由中國運送到台灣並不比南部運送到北部耗時，使得易腐性農產品亦能貿易；加上在江陳會中，簽訂的「食品安全協議」以及「農產品檢疫檢驗合作協議」，雙方同意建立農產品安全管理追溯體系，並實施便捷的進口檢疫檢驗措施，使得農產品更容易進入台灣，加上中國農產品屢屢發生安全問題，如毒菠菜、含抗生素大閘蟹、九孔等，相同的檢疫檢驗標準，更是嚴重危害台灣消費者的健康。因此簽訂ECFA，對於台灣農業的衝擊、消費者的影響，絕非加入WTO所帶來的影響所可比擬。

稻米是台灣農業最重要的農產品之一，不僅種植面積占總作物面積三分之一以上，稻作農戶也占總農戶數的40％以上，因此台灣在加入WTO時，不僅對稻米進口採取配額制度，更對配額外的進口，訂定高進口關稅，以降低衝擊。未來若稻米亦列為免除關稅的產品，因中國稻米產地價格僅及台灣的三分之一，將造成稻農、代耕、育苗及農用品業者的大量失業，並摧毀台灣的農業及農村風貌。

雖然有人認為在簽訂ECFA後，可增加台灣農產品出口到中國的機會，但台商至中國投資農業，帶動中國當地（包含台商與當地農企業）生產與台灣相同品種與品質的農產品，同時價格又較台灣低廉許多，因此台灣農產品要出口到中國，可能性微乎其微。例如中國雖然自2005年起，對台灣15種新鮮水果以及19種水產品與蔬菜實施零關稅，但台灣外銷這些農產品至中國的數量仍非常的少。另外以2005年到2009年間，雙方的農產品貿易來看，台灣進口金額成長高於出口，同時台灣的貿易逆差有逐漸擴大的趨勢；依據學者的研究顯示，自兩岸大三通以來，國內主要蔬菜與水果的產地價格皆呈下跌，顯見在目前仍限制830項中國農產品進口的情況下，中國農產品已經對本土農業產生不小的衝擊。