對中國投資之開放，直接衝擊了台灣之製造業，間接使台灣的雇傭減少、工資縮水、消費萎縮，而ECFA之簽訂則直接衝擊了台灣服務業及服務業之就業市場。若馬政府再承認中國學歷，則衝擊面將更大、更為廣泛。中國之服務業因土地廣、人口多而具規模之優勢，再加上語言相通之方便，可迅速蠶食台灣的服務業市場。我國服務業占GDP之比重在2008年是73.2％，就業人口計596萬人（2007年）占我國就業人口1,029萬人之58％。在我國失業人口屢創新高之際，馬政府急於與中國簽訂ECFA必加深青年學子將來尋求就業之困難。

我國為加入WTO，在服務業市場作大幅度之開放。外國服務提供者可以以自然人（常須擁有證照）或以商業據點設立方式到我國提供服務。此一開放雖然會對我國之就業產生排擠作用，然而由於外國人對我國語言及文化較不熟悉，因此，其衝擊有限。至於同語言及文化之中國服務業者，我國則至今仍以兩岸人民關係條例禁止中國人到台灣長期工作以及不承認中國學歷而不允許中國人參加我國之專門職業證照考試，藉此避免中國服務業者到台灣提供服務所會造成我國就業之衝擊。

但簽署ECFA後，情況就要大幅改觀。ECFA為比WTO更自由之協定，因此，ECFA一經簽署，我方即必須修正兩岸人民關係條例落實我國加入WTO時所作之承諾，允許到我國設立分公司或子公司之中國服務業引進管理人員與專家，並應去除絕大部分不符合國民待遇原則之既有的歧視性措施，亦即，ECFA簽訂後十年內，台灣與中國間之服務及服務提供者在對方領域內享有絕大部分之國民待遇。屆時，具大市場優勢的中國跨國企業員工將排山倒海而來，以較低之工資搶走不少工作機會，對我國服務業之就業市場衝擊將甚為嚴重。

我國目前對中國服務業人員來台報考證照之限制，亦將因我國承認中國大學學歷並簽訂ECFA後而不得再維持，並非如我國考選部所言，「其依兩岸關係條例非中華民國人亦非外國人所以不能報考」，因為此將違反WTO之不歧視原則。顯而易見的是，中國人會本其中文能力甚容易通過我國之專門職業考試，大量侵蝕需要證照之服務業就業市場。此一服務業市場對中國甚為有利，因此其代表團於第二次ECFA實質協商時即口頭要求我國早期開放。即便我國基於國內就業市場之壓力而將之擋下一時，但ECFA簽訂後根據WTO之規定最長十年內亦終須開放。

對於不需要證照之服務業，簽訂ECFA後中國人不論是自然人或法人，只要為我國所未保留之服務業之從事人員，皆可到我國設立商業據點（例如公司型態之美容院或商店等）或以自然人方式（例如理專、投資顧問、跨國企業之專家）到我國提供服務，其衝擊更為即時而廣泛，更嚴重的是，中國偏遠地區如東三省、山西、陜西、寧夏、甘肅、西康、貴州、雲南、海南島等地之服務業提供者根據中國之規定並無遷徙到北京、上海、或廣州等地之自由，否則會喪失社會福利，而簽訂ECFA後這些地區的服務業卻可自由地到台灣設立營業據點享受我國國民待遇，然後再以管理人員或專家名義大量引進中國之服務業人員。且服務業對專業人員之認定相當模糊，幾乎人人可稱為專家，而其專家人數我國依規定又不得加以限制，因此中國跨國服務業必然大量引進此類中國人以減低其成本。可見，ECFA對此類服務業就業之衝擊將不下於引進中國之製造業勞工。

兩岸服務業者之營業範圍差距甚大。中國服務業者到我國設據點後，很可能以中國地區之營收補貼台灣據點之營業進行低價競爭。若不簽訂ECFA，對此類交叉補貼行為可根據主權加強監督，然而若簽訂ECFA，將因中國業者享有我國大部分之國民待遇，而使我國不能再禁止此種行為。以銀行及保險業為例，中國之銀行將可在台灣以明顯高於市場行情之利率吸收我國存款；中國之保險公司將可在台灣以明顯低於市場行情之保費招攬我國之要保人。當成千上萬之台灣人將存款存在中國銀行中或購買中國保險公司之保單，而該銀行或公司若人為操縱而倒閉，眾多存款人或保單持有人走上街頭要求政府處理之結果，將造成我國金融危機。